geometry-optimizer

What problem does it solve?

使用半经验方法 (xTB) 对分子三维几何结构进行几何优化，支持 SMILES 自动转 3D、XYZ 文件输入，输出优化后坐标、能量、收敛状态。

Core Features & Use Cases

• ✅ SMILES → 3D → 优化：自动从 SMILES 生成初始 3D 构象并进行 xTB 优化
• ✅ XYZ 文件输入：直接对已有 3D 坐标进行优化
• ✅ GFN-xTB 方法：GFN2-xTB 为默认，GFN1-xTB、GFN-FF 选项可用
• ✅ 完整结果输出：优化后坐标、能量、梯度、收敛状态、日志文件
• ✅ 批量处理：支持 JSON 批量输入，多分子连续优化

Quick Start

请对一个分子执行 SMILES 自动生成 3D 构象并进行 xTB 几何优化，输出优化后的坐标和能量到指定目录。