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What problem does it solve?

高度バイオイメージング解析を、CellProfiler、Cellpose、napari を統合して簡便に実行できるワークフローを提供します。形態学的特徴抽出とセルセグメンテーション、3D 可視化を1つのパイプラインで実現します。

Core Features & Use Cases

• 多様なツールの統合: CellProfiler による形態学的プロファイリング、Cellpose による深層学習セルセグメンテーション、napari によるインタラクティブ可視化を組み合わせます。
• Cell Painting / 高コンテンツスクリーニング: 5チャネルセルペインティング解析やテクスチャ特徴量の抽出をサポートします。
• Use Case: 高スループットの細胞形態解析ワークフローを構築し、特徴量マトリクスを機械学習モデル用の入力として活用します。

Quick Start

Run CellProfiler segmentation on a sample image and visualize results with napari.